Im Vergleich zu anderen Kläranlagentypen nutzen Pflanzenkläranlagen die Selbstreinigungskräfte der Natur, um Abwasser biologisch, umfassend und geruchsneutral zu reinigen. Die Klärbeete werden entweder vertikal oder horizontal vom Abwasser durchströmt. Dabei wirken Sumpfpflanzen, Bodenelemente und Mikroorganismen zusammen, um organische und anorganische Stoffe abzubauen bzw. zu binden und damit aus dem Abwasser zu entfernen.

Anders als bei technischen Kläranlagen ist bei Pflanzenklärbeeten keine aufwändige technische Ausrüstung erforderlich. Die mechanische Filterung und biologische Reinigung des Abwassers erfolgt ausschließlich durch mit Schilf oder Sumpfpflanzen durchwurzelte Kies- bzw. Sandschichten. Die Hauptaufgabe bei der Abwasserklärung übernehmen Mikroorganismen wie Bakterien, die in den Wurzeln von Schilf oder Binsen leben. Sie ernähren sich von den Inhaltsstoffen des vorbei fließenden Wassers.

Pflanzenkläranlagen überzeugen durch eine vergleichsweise hohe Reinigungsleistung und erfordern bei fachgerechter Anlage nur einen geringen Wartungsaufwand, weshalb sie als gute Alternative zu Belebungs- oder Tropfkörperanlagen gelten. Ihr größter Nachteil ist in ihrem hohen Platzbedarf zu sehen. So umfasst die Mindestfläche für ein Pflanzenbeet circa fünfundzwanzig Quadratmeter. Das heißt, dass nicht überall solche natürlichen Kläranlagen zum Einsatz kommen können. Ist das öffentliche oder private Grundstück jedoch groß genug, empfiehlt sich der Bau einer Pflanzenkläranlage. Die Anlagen stellen neben Filtergräben oder der Verrieselung von Abwasser die einfachste Möglichkeit zur Abwasserreinigung dar.